Муниципальное казенное учреждение города Фрязино "Дирекция Наукограда" является правоприемником Муниципального унитарного предприятия "Дирекция программы развития наукограда Фрязино" (МУП «ДПРН Фрязино») которое было создано 09 апреля 2004 года с целью успешной реализации Программы (основных направлений) развития г. Фрязино как наукограда Российской Федерации, утверждённой Указом Президента Российской Федерации от 29 декабря 2003 года 1531, и развития инновационной деятельности на предприятиях города.

МКУ «Дирекция Наукограда» как информационная и экспертно-консалтинговая инфраструктура осуществляет разработку и реализацию программ социально-экономического развития наукограда Фрязино, проводит сбор и обработку сведений о научно-технических достижениях предприятий научно-производственного комплекса города. Выступает модератором при создании объектов инновационной инфраструктуры. Как центр коллективного пользования выполняет работы по наноструктурным измерениям для предприятий НПК. Проводит научно-технические семинары, конференции и выставки. Осуществляет организационное взаимодействие Администрации города Фрязино с Союзом развития наукоградов Российской Федерации, региональными и федеральными ведомствами, с общественными организациями города. Формирует программу инновационных проектов, оказывает содействие в их подготовке, в поиске инвесторов и партнеров для реализации проектов. Учреждение входит в состав инновационного территориального кластера «Фрязино».

По инициативе МУП «ДПРН Фрязино», начиная с 2004 года, проводятся ежегодные международные конференции «Нанотехнологии – производству». В работе конференции постоянно участвуют более 200 учёных из десятков городов России, а также представители зарубежных стран. В конференциях приняли участие более 1500 специалистов. Опубликованы в изданных трудах конференции более 400 работ.

Подготовлена к изданию и тиражирована книга «Фрязинская школа электроники». Создан видеофильм «Наукоград Фрязино-радиоэлектронике России». Создано Общество ученых и инженеров наукограда Фрязино, образован Совет молодых ученых.

В структуре предприятия работает инновационно-технологический бизнес-инкубатор по направлениям информатики и нанотехнологий. На базе приобретённого инкубатором оборудования выполняются работы для государственных предприятий и предприятий предпринимательской сферы деятельности.

Предприятием подготовлены предложения в Государственную Думу и Московскую областную Думу для совершенствования законодательства по развитию наукоградов.

В 2005 в рамках реализации Перечня мероприятий программы (основных направлений) развития г. Фрязино как наукограда Российской Федерации на оды, был выполнен проект «Создание технопарка и подготовка муниципальной промышленной зоны для реализации инновационных проектов и организации производств наукоемкой продукции», который был положен в основу проектной документации создания технопарка «Фотоника».

В 2012 году подготовлена и утверждена Правительством Московской области Программа инновационного территориального кластера «Фрязино» (ИТК).

Свое первое десятилетие в апреле 2014 года учреждение завершило расширением масштаба деятельности, приступив к реализации двух новых программ - поддержки малого и среднего  предпринимательства и создание Муниципальной единой геоинформационной системы городского округа Фрязино Московской области в интересах муниципальных учреждений и предприятий.

В структуре дирекции начал работать городской центр закупок  в соответствии с Федеральным законом от 05.04.2013 №44-ФЗ "О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд".

На протяжении своей деятельности коллектив предприятия МУП «ДПРН Фрязино» награждался почётными Грамотами Главы города Фрязино и Московской областной Думы, дипломами Международных и региональных выставок.

С момента образования предприятия МУП «ДПРН Фрязино», его бессменным руководителем является Михальченков Анатолий Гаврилович, кандидат технических наук, ветеран труда, проработавший более 40 лет в электронной промышленности страны, в том числе на должностях заместителя генерального директора ФГУП «НПП «Исток», заместителя генерального конструктора НПО им. П.С. Плешакова и генерального директора ФГУП «НИИ «Платан» с заводом при НИИ.